Você pode evitar a emissão de uma segunda via através da alteração da data de vencimento do boleto:

Com esse recurso, você evita criar um novo boleto e economiza nas taxas pagas ao banco.

Além disso, a não ser que o boleto seja cancelado no banco, ele continua podendo ser pago mesmo após o vencimento. Serão apenas aplicados juros e multa, se configurado.